圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相…… 本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第四部。第四部的故事发生在 2028 年冬季战后重建的迹象之中。随着针对外国卡特尔利益的示威活动，新港口城的紧张局势不断升级。这导致了防暴警察的枪击事件。这一切都始于恐怖分子“起火者”释放的网络大脑感染。以草薙元子为首的独立进攻部队，将镇压局势的任务托付给鬼魂，并以正义为目标。事件的表面之下，隐藏着“铁皮女孩”艾玛和“稻草人”小布林达。当草薙处理这起事件时，她逐渐接近了那两个鬼魂的目标。当防暴队在节日期间开始向公民开枪时，少校和她的团队必须追查一名以 Fire-Starter 为名的恐怖黑客。2027 年，第四次非核世界大战结束后的一年，一枚炸弹在纽波特市爆炸，炸死了一名可能与神秘 501 组织有联系的主要军火商。公安官员荒牧大辅聘请全身网络假肢使用者和杰出黑客草薙元子进行调查。
